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由于亲水性较滤纸小，电渗作用小，电泳时大部分电流是由样品传导的，所以分离速度快，电泳时间短，一般电泳45~6分钟即可，加上染色、脱色，整个电泳完成仅需9分钟左右。灵敏度高，样品用量少，血清蛋白电泳仅需2l血清，故常用于检测在病理情况下微量异常蛋白质的改变。。某些蛋白质在纸上电泳不易分离，如胎儿甲种球蛋白、溶菌酶、胰岛素、组蛋白等用醋酸纤维素薄膜电泳能较好地分离。易保存，易定量。醋酸纤维素薄膜电泳染色后，经冰、乙醇混合液或其他溶液浸泡后可制成透明的干板，有利于扫描定量及长期保存。

一般情况下，随着醇含量的增加，沉析速度加快，沉析完全，当醇含量达到8%时，几乎可除去全部蛋白质、多糖和无机盐类杂质。但是随着醇沉浓度的升高，有效成分易被沉淀物包裹而造成损失。醇沉时应提高搅拌速度，缓缓加入乙醇，以避免药液中局部乙醇浓度过高造成有效成分被沉淀物包裹所造成的损失。在醇沉工艺中，搅拌速度应有一适宜的范围。搅拌速度过快则能耗增大，噪音增强，且对设备材质的要求有所提高。此外，过快的搅拌速度会使生成的沉淀颗粒过小，难于过滤；搅拌速度过慢，药液中局部乙醇浓度过高，造成沉析物包裹有效成分，造成有效成分的损失，同时也会造成沉淀物黏连，难以过滤分离。